Während des Vietnamkrieges wird dem durch den Krieg geläuterten Captain Willard (Martin Sheen) der Auftrag erteilt, den außer Kontrolle geratenen Colonel Kurtz (Marlon Brando) zu eliminieren. Kurtz hat sich im Herzen des kambodschanischen Dschungels sein eigenes Reich erschaffen und wird dort von Eingeborenen kultisch verehrt. Gemeinsam mit einer kleinen Besatzung macht sich Willard auf den Weg den Abtrünnigen aufzuspüren. Doch je weiter das kleine Patrouillenboot den Mekong hinauf treibt, desto gefährlicher wird ihre Mission und desto abstruser und unwirklicher erscheint der Krieg an sich.

Der Film ist eine freie Adaption der Joseph Conrad Erzählung „Herz der Finsternis“. 2001 erschien der Film in einer um 49 Minuten längeren Version unter dem Titel „Apocalypse Now Redux“ noch einmal in den Kinos. Regisseur Francis Ford Coppola („Der Pate“) nahm dabei sämtliche Veränderungen selber vor.